Вариантов организации много, система переделывалась много раз, иногда в спешке. Такое наследие. Вероятно, в момент создания показалось логичным получить наибольшую гибкость таким способом: LVM везде.
Речь идет о примонтированном разделе… С очень высокой вероятностью, при исправлении активного системного диска с открытыми файлами цитирую "… fsck может в тяжёлых случаях залечить файловую систему насмерть, так что иногда, если это возможно, стоит предварительно смонтировать сбойную файловую систему в режиме только чтение и сделать резервную копию того, что ещё можно прочесть."
Люди делятся на две категории:
1.те кто не делают бэкап
2. те, кто уже делают :)