Pull to refresh
113
0
Алексей Морозов @synedra

Биоинформатик

Send message

P<0.05, и откуда оно (иногда) берётся

Reading time 8 min
Views 17K

Зарабатывать продажей лекарств, которые заведомо не работают, не только аморально, но и не особо легко. Люди всё-таки обычно не хотят покупать препараты, неэффективность которых была доказана. А вот если вы сумели выдавить заветное p < 0.05 в пользу того, что акупунктура таки работает из данных, которые явно утверждают обратное, — то серия публикаций, успех в карьере и вечная благодарность всех акупунктурщиков вам гарантированы.

Со ставками на спорт история такая же: чтобы выигрывать деньги у букмекера, нужно уметь считать коэффициенты лучше него. А вот чтобы заработать на продаже советов, на кого ставить, — достаточно считать лучше своих читателей.

Читать далее
Total votes 11: ↑11 and ↓0 +11
Comments 5

Перепрограммирование GameBoy за счёт бага в Pokemon Yellow

Reading time 10 min
Views 5K

Pokemon Yellow - это карманная вселенная со своими правилами. В ней можно покупать и продавать предметы, тренировать покемонов, побеждать других тренеров — но нельзя менять правила самой игры. Нельзя построить себе дом, поменять музыку или даже переодеться. Точнее, так было задумано. На самом деле есть последовательность валидных команд (типа перемещения из одного места в другое и манипуляций с предметами), которая позволяет превратить игру в Pacman, тетрис, Pong, MIDI-проигрыватель и что угодно ещё.

Читать далее
Total votes 7: ↑7 and ↓0 +7
Comments 1

Ваш код не бесполезнее чая

Reading time 5 min
Views 4.8K

Колониальные компании создавались ради того, чтобы возить из Индии чай и пряности. Ни их создатели, ни владельцы английских мануфактур не думали о создании лучшего мира для грядущих поколений - и тем не менее, он откуда-то взялся. Не исключительно благодаря Ост-Индской компании, но и нельзя сказать, что она тут была ни при чём. Гугл с фейсбуком существуют ради того, чтобы показывать рекламу, но это не значит, что они не помогают прогрессу человечества.

Читать далее
Total votes 13: ↑9 and ↓4 +5
Comments 8

Изобретайте колесо

Reading time 5 min
Views 4.5K

Совет “не изобретать колесо” (в смысле “не искать собственных решений вместо использования имеющихся”) плох уже потому, что переизобрести буквальное физическое колесо — довольно неплохая идея. Колеса независимо придумывались бессчётное количество раз. Менялся дизайн и пропорции; используемые материалы эволюционировали от камня и дерева до металлических сплавов, а затем и композитов. Примерно круглый плоский камень с дыркой посередине - это совсем не то же самое, что идеально круглое тонкое колесо с десятками металлических спиц.

Читать далее
Total votes 17: ↑14 and ↓3 +11
Comments 15

Ущерб от баннерной рекламы

Reading time 12 min
Views 8.2K

Очевидно, баннерная реклама раздражает пользователей. Но насколько сильно? Возможно, она настолько всех бесит, что доход от рекламы не стоит потерь в трафике. А возможно, и нет. Если коротко, то даже единственный небольшой баннер снижает трафик примерно на 10%. Подробный анализ — под катом.

Читать далее
Total votes 4: ↑4 and ↓0 +4
Comments 24

Архивация по URL

Reading time 12 min
Views 4.8K


Каждый год несколько процентов материалов, на которые я ссылаюсь, исчезают навсегда. Для человека, который старается не писать без пруфов, это неприемлемо, так что я разработал собственную стратегию борьбы с битыми ссылками. Если коротко — коллекция скриптов, демонов и архивных сервисов в интернете просто берёт и бэкапит всё подряд. URLы регулярно выгружаются из логов моего браузера и статей с моего сайта. Все страницы архивируются локально и на archive.org, так что при необходимости они будут вечно доступны из нескольких независимых источников.

linkchecker регулярно проходит по моему сайту в поисках битых ссылок; все обнаруженные потери могут быть либо заменены (если адрес поменялся, но страница всё ещё существует), либо восстановлены из архива. Кроме того, мои локальные архивы криптографически датируются через блокчейн биткойна на случай, если возникнут подозрения в фальсификации.
Читать дальше →
Total votes 20: ↑20 and ↓0 +20
Comments 4

Хабра-календарь на 2021 год

Reading time 1 min
Views 5.3K

Он же КДПВ, он же и составляет, собственно, всё содержание поста. Со стилизацией под ASCII-арт на АЦПУ-шной бумаге и сюжетом из средневековых маргиналий, потому что если взялся делать ретро - то может быть сложно остановиться на какой-то одной эпохе. Версии для печати - на гитхабе под CC-BY-3.0

Под катом буквально ничего нет
Total votes 32: ↑30 and ↓2 +28
Comments 18

Death Note, анонимность и энтропия

Reading time 16 min
Views 74K


В начале “Death Note” местный гениальный детектив по сути занят деанонимизацией: он знает только то, что убийца существует где-то на планете. Никаких улик тот не оставляет, но довольно быстро оказывается пойман. Вообще-то хабр не площадка для обсуждения аниме, но такая же охота на того-не-знаю-кого порой случается и в реальном мире — достаточно вспомнить Сатоши Накамото, Dread Pirate Roberts или Q. Так что под катом перевод статьи (анонимного, кстати говоря, автора) о том, насколько происходящее в этом сериале связано с реальной анонимностью и что у его героя пошло не так.

Читать дальше →
Total votes 181: ↑181 and ↓0 +181
Comments 97

Название имплементации и название результата

Reading time 5 min
Views 9K


Я хотел написать этот пост ещё в июле, но никак не мог, о ирония, решить, как его назвать. Удачные термины пришли мне в голову только после доклада Кейт Грегори на CppCon, и теперь я наконец могу рассказать вам, как не надо называть функции.


Бывают, конечно, названия, которые вообще не несут информации, типа int f(int x). Ими пользоваться тоже не надо, но речь не о них. Порой бывает, что вроде бы и информации в названии полно, но пользы от неё абсолютно никакой.

Читать дальше →
Total votes 20: ↑20 and ↓0 +20
Comments 24

bear_hug: игры в ASCII-арте на Python3.6+

Reading time 10 min
Views 6.8K


Для своих игр в ASCII-арте я написал библиотеку bear_hug с очередью событий, коллекцией виджетов, поддержкой ECS и прочими полезными мелочами. В этой статье мы посмотрим, как с её помощью сделать минимальную работающую игру.
Читать дальше →
Total votes 30: ↑30 and ↓0 +30
Comments 5

Минимальный возможный шрифт

Reading time 9 min
Views 37K

Задача: используя наименьшее возможное количество ресурсов, отрендерить осмысленный текст.


  • Насколько маленьким может быть читаемый шрифт?
  • Сколько памяти понадобится, чтобы его хранить?
  • Сколько кода понадобится, чтобы его использовать?

Посмотрим, что у нас получится. Спойлер:


Читать дальше →
Total votes 108: ↑102 and ↓6 +96
Comments 69

Правдоподобия, P-значения и кризис воспроизводимости

Reading time 26 min
Views 20K
Или: Как переход от публикации P-значений к публикации функций правдоподобия поможет справиться с кризисом воспроизводимости: личное мнение Элиезера Юдковского.

Если Монро нарисовал комиксы про 75% существующих интересных проблем, а четверть моих статей интересные, то какова вероятность, что рано или поздно мне придётся искать КДПВ где-то ещё?

Комментарий переводчика: Юдковский, автор HPMOR, создатель Lesswrong и прочая и прочая, изложил свою позицию по поводу пользы байесовской статистики в естественных науках в форме диалога. Прямо классический такой диалог из античности или эпохи возрождения, с персонажами, излагающими идеи, обменом колкостями вперемешку с запутанными аргументами и неизбежно тупящим Симплицио. Диалог довольно длинный, минут на двадцать чтения, но по-моему, он того стоит.

Дисклеймеры
  • Этот диалог был написан сторонником байесовского подхода. Реплики Учёного в нижеприведённом диалоге могут и не пройти идеологический тест Тьюринга на фреквентизм. Возможно, что они не отдают должное аргументам и контраргументам сторонников частотного подхода к вероятности.
  • Автор не рассчитывает, что описанные ниже предложения будут приняты широким научным сообществом в ближайшие десять лет. Тем не менее, это стоило написать.

Если вы ещё не знакомы с правилом Байеса, на сайте Arbital есть подробное введение.

Модератор: Добрый вечер. Сегодня в нашей студии: Учёный, практикующий специалист в области… химической психологии или чего-то типа того; его оппонент Байесовец, который намерен доказать, что кризис воспроизводимости в науке можно как-то преодолеть с помощью замены P-значений на что-то из Байесовской статистики…
Студент: Извините, как это пишется?
Модератор:… и, наконец, ничего не понимающий Студент справа от меня.
Читать дальше →
Total votes 27: ↑25 and ↓2 +23
Comments 41

Мемоизация дефолтным kwarg в Python

Reading time 3 min
Views 8K
Вот так можно мемоизировать питоновскую функцию:

def memo_square(a, cache={}): 
    if a not in cache: 
        cache[a] = a*a 
    return cache[a]

Приём незаслуженно малоизвестный, так что под катом мы разберём, как он работает и для чего нужен.
Читать дальше →
Total votes 16: ↑11 and ↓5 +6
Comments 14

Что случилось с парадоксом Ферми

Reading time 4 min
Views 42K
Парадокс Ферми заключается в том, что вероятность возникновения внеземной цивилизации обычно оценивается довольно высоко, а признаков её существования что-то не видать. Недавно на arxiv появился препринт Сандерса с соавторами «Dissolving the Fermi paradox», который уже успели интерпретировать как отмену этого парадокса (правда), пустую болтовню в отсутствие данных (скорее правда, но верно для парадокса Ферми вообще, а не только для этой статьи), и как доказательство несуществования инопланетян и/или низкого L (неправда). В этой статье попробуем разобраться, что в препринте содержится на самом деле.

Читать дальше →
Total votes 61: ↑60 and ↓1 +59
Comments 774

Нумерация двоичных деревьев

Reading time 3 min
Views 6.1K
Как пронумеровать все двоичные деревья? Как на КДПВ: “дерево” из одного листа будет первым, дерево из двух листов вторым, второе дерево с ещё одной веткой, исходящей из корня – третьим. А как найти номер произвольного дерева в такой схеме?

КДПВ
Читать дальше →
Total votes 11: ↑10 and ↓1 +9
Comments 22

Distant Joining: выбираем репрезентативный набор генов

Reading time 9 min
Views 2.8K
Современные методы биоинформатики позволяют довольно точно восстанавливать эволюционные истории на основании последовательностей генов или белков ныне живущих организмов. А благодаря технологиям секвенирования нового поколения последовательности производятся быстрее, чем их успевают анализировать. Вот только эволюционная реконструкция – дело вычислительно дорогое и неплохо бы уметь получать репрезентативные выборки пригодного для анализа размера. Как это сделать и что вообще такое в данном случае “репрезентативная” – под катом.
Древо жизни по Hug et al. 2016
Читать дальше →
Total votes 5: ↑5 and ↓0 +5
Comments 0

Изменяемые свойства классов в питоне: польза для дела и мелкого хулиганства

Reading time 3 min
Views 7.3K

В питоне аттрибуты класса можно сколько угодно модифицировать во время работы, и изменения видны всем объектам этого класса и других подклассов. Под катом — одно полезное применение этого факта.

Читать дальше →
Total votes 17: ↑10 and ↓7 +3
Comments 6

AI монстров и поиск пути с помощью тепловых карт

Reading time 5 min
Views 25K
image Допустим, у нас есть плоская карта, состоящая из тайлов. На некоторых тайлах стоят монстры, а на некоторых других – всякие штуки, которые монстров интересуют: игрок, оружие, зелья, боеприпасы и прочее в том же духе. Задача состоит в том, чтобы объяснить монстрам, к каким штукам им идти и как. Путь должен быть близким к оптимальному, а время вычисления – настолько маленьким, насколько это возможно. Один из самых простых способов – использовать тепловую карту дистанций до определённой цели или целей.
Читать дальше →
Total votes 61: ↑61 and ↓0 +61
Comments 26

Пишем текстовую игру на Python/Ren'Py ч.2: мини-игры и подводные камни

Reading time 7 min
Views 36K
Краткое содержание предыдущих двадцати пяти тысяч серий: мы пишем текстовую игру про плавание по морю и ввязывание в истории. Пишем мы её на движке Ren'Py, который изначально предназначен для визуальных новелл, но после минимальной настройки способен делать всё, что нам надо. В прошлой статье я рассказал, как сделать простенькую интерактивную читалку, а в этой мы добавим ещё пару экранов с более сложными функциями и наконец поработаем на питоне.
image

Читать дальше →
Total votes 14: ↑14 and ↓0 +14
Comments 2

Пишем текстовую игру на Python/Ren'Py

Reading time 8 min
Views 124K
Как сделать текстовую игру? Да как угодно. Как сделать кроссплатформенную текстовую игру на русском с иллюстрациями, звуком, работающими сохранениями, без проблем с кириллицей, и с каким-никаким геймплеем? Да ещё и в свободное время, не отрываясь от основной работы? Вот это уже интересней и на самом деле — довольно несложно. Заинтересовавшихся прошу под кат.

image
Читать дальше →
Total votes 25: ↑22 and ↓3 +19
Comments 32

Information

Rating
Does not participate
Location
Иркутск, Иркутская обл., Россия
Works in
Date of birth
Registered
Activity