Comments 28
UFO just landed and posted this here
Мощностей на такие штуки надо много. Помнится, был на BOINC проект POEM, считал помимо прочего и взаимодействие белков с какими-то соединениями. Жрал как я не знаю что, 16 часов на одну подзадачу (комп правда не очень мощный), а подзадач там на эксперимент было несколько сотен тысяч. Дык, закрылся, что-то серьезное посчитав, а результаты применить никто не может — денег не поиметь, лицензия BOINC не позволяет. Если кто-то затеет за вменяемое время получить подобные результаты, ему придется городить полноценный суперкомпьютер, или где-то арендовать мощности — или идти в мировую науку, но терять профит от разработок. Куда ни кинь, везде потери денег ИМХО колоссальные.
Сейчас многие вещи считаются на видеокартах, примерно на порядок эффективнее чем 5 лет назад. То, на что в 2012 нужно было 300 CPU*month сегодня делается за менее чем 1 GPU*month.
ЕМНИП эти 16 часов были на GPU (nVidia GT210) уже, неспроста же у меня 16М камней в нем было. Но вы правы в том, что на ГП считать быстрее.
Современный nVidia GTX 1080 Ti примерно в 300 раз производительнее nVidia GT210. Плюс за пять лет GPU-код стал раза в два эффективнее. Задача, которая считалась за 300000*16часов на GT210, сегодня посчитается за две недели на двух нодах по 10 GTX 1080 Ti. Научная группа, в которой я работаю располагает примерно 200 штук собственных GTX 1080 Ti + дополнительно время на Jureca под отдельные проекты. В группе ~25 учёных.
UFO just landed and posted this here
Они говорят о технологии Molecular Mechanics, которая уже довольно давно применяется в промышленности, в т.ч. фармацевтической.
главное чтобы на всю отрасль компьютерного моделирования перестали смотреть как на упоровшихся фриковЭто замечание было бы уместно лет 20 лет назад, ну может быть 10, но не сегодня. Сегодня почти ниодно серьезное исследование без компьютерного моделирования не обходится.
А можно чуть подробнее — ссылки на статьи там, или это чисто внутренние разработки и никто ничего не публикует?
На данный момент это внутренняя разработка компании, которую в будущем планируется использовать в рамках собственного специализированного сервиса.
И как вы тогда собрались убеждать ученых, работающих с открытыми инструментами (gromacs, например), что ваш внутренний сервис работает лучше, чем существующие модели (коих несколько и разных) если не собираетесь публиковаться в peer-reviewed журналах? Маркетинговыми статьями на хабре? Seriously?
То что люди открывают некоторые стороны своих разработок и показывают куда и как двигаются — это уже большой плюс.
Не все что бесплатное работает лучше во всем чем платное.
Не все что бесплатное работает лучше во всем чем платное.
Вангую, что если сами не откроют, то через 2-4 года кто-то из научных групп разработает открытый аналог. Идея-то простая, вся инфраструктура есть.
UFO just landed and posted this here
Эммм… Fujitsu открыли силовые поля второго рода и перекрёстные члены? Так это не ново.
Мысль ясна в целом и не нова — заменить «честные» квантово физические расчёты (причём в квантовой механике и так немало приближений) на классико механические. Перевести сложность из экспоненциальной в полиномиальную. Но всё равно степени полиномов как правило большие, и точность не очень хорошая, ибо нужно много подгоночных параметров. Но как не подгоняй — всё равно что-либо упустишь. В общем, в таких расчётах — называемых ab initio — нужны реальные квантовые компы.
Такие квантовые компы неизвестно когда будут, а когда будут, то неизвестно, насколько полезны будут для решения задач молекулярной динамики. Тем временем, метод «классической» молекулярной механики худо-бедно работает и с пользой применяется уже сейчас.
Ну как бы моделирование квантовых процессов — «нативная» проблема квантовых компов (как и разложение на простые числа), которую они решают за полиномиальное время. Вы бы глянули про квантовые вычисления вначале.
Я в курсе, но вы теоретезируете, а каковы будут возможности и ограничения квантовых компьютеров в контексте задачи молекулярной динамики / квантовой химии не знает на данный момент никто. Сроки появления и стоимость также неизвестны. А возможности молекулярной динамики на доступных сегодня компьютерах ясны и достаточны для извлечения определённой пользы прямо сейчас.
Утверждение «в ab initio расчётах нужны реальные квантовые компы» подобно высказыванию «для полётов в космос нужны технологии антигравитации».
Утверждение «в ab initio расчётах нужны реальные квантовые компы» подобно высказыванию «для полётов в космос нужны технологии антигравитации».
Вам уже сказали — квантово физические расчёты (иначе называемые ab initio — не использующие подгоночные параметры, а считающие по уравнениям квантовой механики) у квантовых компов происходят за полиномиальное время, а у классических за экспоненциальное, иными словами в пределе, на реально больших молекулах (а белки реально большие молекулы), они будут намного быстрее, как бы не была хренова их реализация.
Выражение «в ab initio расчётах нужны реальные квантовые компы» аналогично выражению «для эффективного разложения больших чисел на простые множители нужны квантовые компы», ибо на классические компы нужно время превышающее время жизни Вселенной.
Молекулярная динамика — иная история, она использует классическую физику, но весьма ограничена, ибо квантовые эффекты нужно заменять разными параметрами. Причём получаемые модели весьма чувствительны в параметрам. Работает ли она? Работает — но не очень хорошо. И нужна она не от хорошей жизни. Как правило наиболее важные куски молекулы считают всё равно квантово физически, а прочее — молекулярной динамикой.
Ну и всё равно вычислений очень много, и на классических компах посчитать в режиме реального времени реально большие молекулы непрактично. А при увеличении числа молекул ещё и нереально.
Выражение «в ab initio расчётах нужны реальные квантовые компы» аналогично выражению «для эффективного разложения больших чисел на простые множители нужны квантовые компы», ибо на классические компы нужно время превышающее время жизни Вселенной.
Молекулярная динамика — иная история, она использует классическую физику, но весьма ограничена, ибо квантовые эффекты нужно заменять разными параметрами. Причём получаемые модели весьма чувствительны в параметрам. Работает ли она? Работает — но не очень хорошо. И нужна она не от хорошей жизни. Как правило наиболее важные куски молекулы считают всё равно квантово физически, а прочее — молекулярной динамикой.
Ну и всё равно вычислений очень много, и на классических компах посчитать в режиме реального времени реально большие молекулы непрактично. А при увеличении числа молекул ещё и нереально.
Выражение «в ab initio расчётах нужны реальные квантовые компы» аналогично выражению «для эффективного разложения больших чисел на простые множители нужны квантовые компы»,Да, оба эти изречения не выражают ничего. Что значит «эффективного», кому и для чего «нужны», что такое «большие»?
Вы же сами стали сравнивать ab initio расчёты с классической молекулярной механикой. И говорите что ab initio лучше, и для них нужны квантовые компьютеры. Аргументируйте! Когда, по Вашей оценке, применение квантовых вычислений для задач биохимии станет практичней чем QM/MM? Сказать, что термояд лучше дров можно, но в контексте V века до нашей эры это иррелевантно. Я говорю, что сегодня и в обозримом будущем молекулярная механика и QM/MM выигрывают по всем параметрам т.к. квантовые компьютеры пригодные для QM появятся неизвестно когда.
на реально больших молекулах (а белки реально большие молекулы), они будут намного быстрее, как бы не была хренова их реализация.Быстрее чем N*log(N) молекулярной механики? Точнее чем QM/MM? Откуда Вам известно, что так будет на практике, если мы толком не знаем, каковы будут ТТХ реальных (а не идеальных) квантовых компьютеров? На этот счёт существуют какие-то расчёты уже? Не существует их. Не известно, когда появятся квантовые компьютеры практически пригодные для того, что бы на них можно было рассчитывать белки + воду. Какие у таких компьютеров должны быть характеристики? Как это соотносится с ожиданиями по развитию в этой области?
«эффективного», кому и для чего «нужны», что такое «большие»?Значит за разумное время. Большие — ну например, в 1000 знаков. Нужны, ибо числа в миллион знаков вы не разложите и за время жизни Вселенной. Аналогично, на классических компах вы не смоделируете большую квантовую систему за время жизни Вселенной.
Быстрее чем N*log(N) QM/MM?Ну, вы лукавите — QM/MM a) грубое приближение, b) ему нужны параметры, получаемые из измерений либо из расчётов ab initio.
Мы не знаем, когда будут выпущены мощные квантовые компы (30 л назад квантовые вычисления были лишь на бумаге, а щаз появились первые рабочие процессоры, наверное, ещё через 30 л получим реально мощные машины), и разумеется — не значит, что на нынешнем этапе QM/MM не нужны. Нужны, но нужно понимать, что они временная мера, как крюк по сравнению с бионической рукой. И они в принципе не позволят вам считать реально большие системы по описанным причинам.
--
Sign up to leave a comment.
Fujitsu создала новую технологию молекулярного моделирования