Для простых задач достаточно и семейств *apply функций,
но для больших размерностей или сложных агрегациях,
лучше использовать функции из dplyr (они побыстрее и их удобнее использовать).
Вероятнее всего, что автор оригинального поста не очень хорошо знал R (так как его пример ошибочен в случае с NA),
впоследствии он же сетует на плохую документацию R.
Хотя по apply есть и более удачные примеры.
Использование apply, sapply, lapply в R