К сожалению, Docker под CentOS 6/7 по умолчанию использует device mapper как storage driver и это ужас-ужас — сборка больших контейнеров, работа с образами и реестром (registry) отнимает кучу времени и нервов. После перехода на OverlayFS всё начинает прямо-таки летать. При этом желательно использовать более свежее ядро например от ELRepo Project, т.к. в 3.10 от RH у overlayfs всё ещё есть некоторые ограничения.
ИМХО тут с путями что-то не так.