Хм, вы правы, посмотрел в фоторедакторе на скрин из открытой pdf — у текста цвет #333. Мой монитор (или зрение) разницы не заметило. Но специально я ничего не делал для этого. Попробую позже установить доп. плагин и покрутить стили.
Попробуйте собрать их же либой локально — github.com/GitbookIO/gitbook#how-to-use-it. Увы, больше ничего подсказать не могу, гугл ничего не говорит мне о такой проблеме.
Попробуйте скачать mobi какой-либо книги из этого списка. Если там все ок — буду думать, в чем проблема.
Товарищи, вы в комментариях спрашивали о pdf версии. Дабы вы не пропустили — упомянул вас.